Entre 1000 y 1400 años de la era cristiana, vuelve a resurgir parte de ese antiguo poderío, pero con otro nombre: los Chankas, quienes más tarde son derrotados por Pachacutec Inca Yupanqui, iniciándose así el período del Imperio Incaico, fundando como capital el Cusco y Vilcashuamán, situada a 120 kms al sur de Ayacucho, como su centro administrativo. En ella se construyeron los templos del Sol y la Luna y el Ushno o pirámide ceremonial.

Si la historia hubiese sido diferente y los Chankas los vencedores, Ayacucho tal vez podría haber sido el ombligo del mundo andino antes de la llegada de la cultura española.

Algunos historiadores describen que ocurrió una rebelión contra la autoridad incaica, que dio lugar a indiscriminadas matanzas, por parte de los Incas. La mortandad en desiguales combates, dieron lugar al nombre de Ayacucho, que en quechua quiere decir "Rincón de Muertos".